وهي تعنى باجتماعات مجلس الجامعة المكوَّن من رئيس الجامعة ومساعديه، وعمداء الكليات، وأمين المجلس، وممثل التدريسيين، ومدير الأقسام الداخلية. وتقوم الأمانة بتنظيم جلسات هذه الاجتماعات وتوثيق محاضرها تباعاً.

وقد تعاقب على إدارة هذه المهمة خلال تاريخ الجامعة عدد من الأساتذة هم: الدكتور مجيد خير وظل حتى سنة 2004، الدكتور رعد طاهر وظل حتى سنة 2006، المدرس المساعد علي حسن الذي بقي مدة قليلة التحق بعدها بدراسة الدكتوراه ليخلفه الدكتور جميل بدوي وقد استمر في مهمته لغاية نهاية سنة 2008، ليكلف بعده الدكتور محمد تقي جون بمهمة الأمانة ولا يزال في منصبه.

ولهذا القسم جهود قيمة في تطوير العمل والتسريع بتنفيذه وتتلخص هذه الجهود بما يأتي:

– توثيق محاضر مجالس الكليات، وتهيئة المصادقات على توصياتها وقراراتها، واستحصال موافقة رئيس الجامعة عليها، وإحالة الموضوعات التي تحتاج إلى دراسة أو إبداء رأي الوزارة فيها إلى الدوائر المعنية في الوزارة.

– إبلاغ الكليات بإقرار محاضر مجالسها لتبدأ بتنفيذ ما تم إقراره.

– إعداد جدول أعمال اجتماع مجلس الجامعة الذي تتم مناقشة مواده وفقراته وتهيئته لاجتماع مجلس الوزارة.

– إعداد محضر مجلس الجامعة متضمنا كل ما تمت مناقشته أثناء الجلسة وما تم إقراره أو تعديله أو رفضه، وعرض المحضر على السيد رئيس الجامعة للتوقيع عليه ومن ثم إعمام ما يخص الكليات للتنفيذ.

– متابعة أمانة مجلس الجامعة الكليات في تنفيذ قرارات مجلس الجامعة.

– إعداد أرشيف الكتروني لحفظ محاضر مجالس الجامعة لسنة 2008 والسنوات السابقة.

وتعد أمانة المجلس من الوحدات المهمة التي يجب أن يتميز من يتولاها بالأمانة والصدق، لكونه أمين سر القرار الجامعي ومضامينه المهمة وهي ترتبط برئيس الجامعة مباشرة.