يهدف القسم الى ضمان سير الوظائف والأعمال على وفق الخطط والسياسات المعتمدة, ومتابعة مدى التزام العاملين بتنفيذها وتشجيعهم, والمحافظة على الأموال والموجودات الثابتة.
وقسم الرقابة والتدقيق على نوعين :
- الرقابة الداخلية المالية: يقوم التدقيق المالي بفحص القوائم المالية والسجلات وجميع العمليات المتعلقة بها بهدف التأكد من الالتزام بمبادئ المحاسبة النافذة والأنظمة والتعليمات داخل المؤسسة ونعني هنا الجامعة.
- الرقابة الداخلية أو التشغيلية: يعد التدقيق الإداري اشمل من التدقيق المالي إذ يقوم المراجع الداخلي بتقويم الأنشطة المالية وغير المالية بهدف معرفة مواطن الضعف في كفاية الأداء، وتقديم التوصيات لتحسين الكفاءة, فضلا عن التأكد من التزام جميع الأنشطة بسياسات وخطط الجامعة. ويشترط في فريق الرقابة والتدقيق الداخلي توافر المؤهلات والخبرة الكافية للقيام بهذه المهمة. ويجب أن يتم تخطيط برامج الرقابة الداخلية بشكل جيد ويتم تنفيذها بعناية، كما ينبغي الاهتمام بإعداد التقارير بحيث تكون ملائمة وموضوعية ودقيقة وواضحة، ويتم إعدادها في الوقت المناسب؛ فلابد من تحديد الصلاحيات ومسؤوليات فريق المراجعة بشكل واضح، ويجب أن يتمتع موظفو قسم الرقابة والتدقيق الداخلي بالاستقلالية بحيث يكون ارتباطهم بأعلى المستويات الإدارية في مؤسستهم.
وقد استطاع هذا القسم خلال تاريخه المرتبط بتاريخ الجامعة تأدية مهماته بكل دقة، وتتمثل هذه المهمات بما يأتي:
- القيام بإعداد وتدقيق الحسابات الختامية.
- المشاركة بلجان عدة داخل الجامعة والكليات والأقسام الداخلية.
- تحديد السلف والأمانات والدائنين للسنوات السابقة، واكتشاف السلف التي لم يتم تسويتها للسنوات السابقة، وإعداد التقارير الخاصة بذلك
- تدقيق موازين المراجعة الشهرية مع إعداد الحسابات الختامية للمشاريع.
- متابعة الجداول الشهرية في الكليات ومطابقتها مع الجداول الموحدة.
- تقديم المشورة المالية والحسابية إلى كليات الجامعة وأقسامها كافة.