الرسالة الأساسية والمهمة لفرع الطفيليات هي تدريس علم الطفيليات الذي يعتبر من العلوم الأساسية والتي تدرس في الكليات والمعاهد الطبية والعلوم …ويضم علم الطفيليات (الديدان , الاوالي , والحشرات ) حيث يتم تدريسها إلى المراحل الأولية ( المرحلة الثالثة ) إضافة إلى الدراسات العليا التي سيتم فتحها مستقبلا لدراسة الماجستير والدكتوراه في هذا الفرع وتحت إشراف أساتذة مختصين في علم الطفيليات. إضافة لذلك فأن تدرسيي الفرع  ينجزون سنوياُ عدد من البحوث العلمية لأغراض الترقيات. كما يقدم الفرع العديد من الاستشارات العلمية  في داخل الكلية  وخصوصاً لطلبة الدراسات العليا من فروع أخرى وخارج الكلية إلى كليات علمية إضافة لذلك الاستشارات العلمية إلى بعض الوزارات كوزارة الزراعة ووزارة العلوم والتكنولوجيا .